         LAMMPS分子动力学模拟培训

LAMMPS基础

1. 课程1 分子动力学模拟入门理论

2. lammps的in文件中各命令的意义

3. 1.1 系综理论

4. 1.2 主要算法介绍

5. 1.3 积分步长的选取

6. 1.4 温度和压力控制

7. 1.5 周期性边界条件

8. 1.6 分子动力学模拟流程

LAMMPS入门学习

1. 课程2 LAMMPS入门操作基础

2. 2.1 Linux命令入门基础——熟练掌握LAMMPS所用的Linux命令

3. 2.2 LAMMPS中一些安装包的介绍——为以后创建自己体系进行选择性安装

4. 2.3 LAMMPS的linux版串行和并行及GPU版编译安装——学会编译方法，针对自己体系编译软件。 认识makefile文件。

5. 2.4 LAMMPS的in文件结构格式及常用命令讲解、data文件格式。

6. 2.5 LAMMPS实例讲解。

实例操作：编译安装自己的LAMMPS可执行程序

LAMMPS进阶学习

1. 课程3 LAMMPS各种参数计算

2. 3.1 in文件基本语法。

3. 3.2 颗粒模拟。

4. 3.3 可视化快照。

5. 3.4 弹性常数模拟解。

6. 3.5 计算热导率。

7. 3.6 计算粘度。

8. 3.7 计算均方位移。

9. 3.8 计算径向分布函数。

10. 3.9 计算扩散系数。

11. 3.10 计算能量数据。

12. 3.11 Lammps常见错误解决途径。

实例操作：学员结合自己的科研方向，选择运行契合自己研究方向的例子

LAMMPS的建模

1. 课程4 LAMMPS建模——掌握基本操作流程（一）

2. 4.1 lattice命令语法学习及建模实操

3. 4.2 Packmol建模语法学习及案例实操。

4. 4.3 Material Studio建模学习及案例实操

5. 4.4 VMD建模学习及案例实操

实例操作：指导实现上述环节的每个模型操作过程，并转换成lammps的data文件

1. 课程4 LAMMPS建模——掌握基本操作流程（二）

2. 4.3 Material Studio建模学习及案例实操

3. 4.4 VMD建模学习及案例实操

实例操作：指导实现上述环节的每个模型操作过程，并转换成lammps的data文件

从examples的简单例子，到完成自己的科研课题

1. 课程5 通过examples中的例子，理解要模拟对象的物理意义。

2. 5.1 运行examples\flow 两个例子并做可视化处理

练习与思考：

3. 5.1.1 把二维couette流动扩展成三维，并输出流体的速度和密度分布

4. 5.1.2 把二维poiseuille流动扩展成三维，并输出流体的速度和密度分布

5. 5.1.3 建立三维管道内的poiseuille流动

6. 5.1.4 进行石墨烯通道内的Couette流动和Poiseuille流动模拟

7. 5.1.5 调节通道表面电荷性质、亲疏水性质，分析其对流动性质的影响

8. 5.1.6 模拟体系中水更改为KCl溶液

9. 5.2 运行examples\shear 到石墨烯/铝的力学性质模拟

10. 5.3 运行examples\friction 到金属/合金的摩擦模拟

夹层结构(graphene/C60/graphene)
摩擦性质模拟（AIREBO力场）

1. 课程6 夹层结构(graphene/C60/graphene)不同粗糙度条件下的摩擦性能研究

2. 模拟过程

3. 6.1 建立夹层结构(graphene/C60/graphene)不同粗糙度的初始模型

4. 6.2 夹层结构的应力-应变曲线性能研究

5. 6.3 夹层结构摩擦性质研究

环氧树脂在二氧化硅表面吸附建模(CVFF力场)

1. 课程7 环氧树脂在二氧化硅表面吸附吸能的影响

2. 模拟过程

3. 7.1 建立模拟体系的初始模型

4. 7.2 运行能量小化及体系的预松弛

5. 7.3 压缩盒子达到指定的密度 （针对不同研究体系掌握压缩方法的不同，并掌握判断方法和依据）

6. 7.4 模拟步骤：包括能量小化-NVT平衡-NPT平衡-对研究目标的 性质进行长时间轨迹平衡-输出研究所关心的性质。

7. 7.5 查看动态轨迹和特殊帧的图片显示 (采用VMD软件做出漂亮的图片和视频，学会用tcl脚本控制输出)

8. 7.6 数据分析 （origin软件的使用）

9. 7.6.1 MSD分析

10. 7.6.2 计算RDF

11. 7.6.3 计算密度分布